如果生物質蒸汽鍋爐在運行過程中產生水垢，將嚴重影響熱傳導。由于水垢的導熱系數僅為鋼材的數十分之一，一旦鍋爐內表面結垢，燃料燃燒產生的熱量就無法有效傳遞到水側，導致煙氣溫度升高，從而浪費燃料并增加運營成本。根據相關資料，當鍋爐結垢后，燃料的額外消耗比例如下：水垢厚度達到或超過1mm時，鍋爐燃料消耗增加5%至8%；達到或超過2mm時，額外消耗為10%至18%；而當水垢厚度達到或超過3mm時，消耗增加可達18%至26%。
（二）當生物質蒸汽鍋爐發生結垢時，燃料燃燒產生的熱量未能及時傳遞到鍋爐水側，導致受熱面溫度升高。如果鍋爐的受熱面長期處于超溫狀態，金屬材料會出現蠕變和鼓包，強度降低，終可能引發爆管。若水管因大量結垢而堵塞，也會迅速發生爆管。這不僅威脅到人們的生命和財產安全，而且爆管后需要進行檢修，耗時費力，維修費用顯著增加。此外，頻繁的開停爐會造成燃料浪費，停爐還會影響其他生產線的運行，導致更大的經濟損失。
生物質蒸汽鍋爐在結垢后會導致鍋爐底部腐蝕，這種腐蝕會縮短其使用壽命并危害正常運行。
鍋爐腐蝕可能導致爐管出現穿孔，甚至引發鍋爐故障，這對人身安全和設備運行構成嚴重威脅。